En 1996 la Universidad de Alcalá creó el Centro Internacional de Estudios Históricos Cisneros (CIEHC) para el estudio de la figura del Cardenal Cisneros y su época, así como la historia de las universidades. El Centro pretende desarrollar una conciencia histórica europea y contribuir al conocimiento de la historia de sus pueblos mediante la práctica de la docencia y la investigación. Sigue dos líneas de orientación científica: una centrada en la historia de las órdenes mendicantes, la de la antigua Universidad de Alcalá y el análisis de la figura y de la obra de su fundador; y la otra orientada a analizar los diversos aspectos del desarrollo histórico del ámbito en que se ubican las ciudades de Guadalajara y Alcalá de Henares.
El 20 de noviembre de 2001 la Universidad de Alcalá inauguró las actuales instalaciones del CIEHC en el Palacete Laredo. El edificio acoge un centro de documentación, con aproximadamente 150.000 microfilminas de documentos históricos; y una biblioteca especializada que incluye fuentes documentales y bibliográficas relativas a la historia de la antigua Universidad de Alcalá.
El Museo Cisneriano está abierto al público, y en él se puede admirar una sorprendente colección documental en torno al gran mecenas de la ciudad de Alcalá el cardenal Francisco Jiménez de Cisneros. Destaca la Biblia Políglota Complutense, obra en seis volúmenes que constituyó en su momento una revolución teológica, al ser la primera edición políglota de una Biblia completa. Impresa en cuatro idiomas (idioma hebreo, idioma griego, latín e idioma arameo), de las 600 copias publicadas, sólo se sabe de la supervivencia de 123, y en este museo se expone una de manera permanente por primera vez. También se encuentran los cuatro volúmenes de la Biblia Políglota de Amberes o Biblia Regia, encargada por Felipe II a Benito Arias Montano, un antiguo estudiante de la Universidad de Alcalá. Además, el Museo muestra importantes objetos relacionados con el cardenal Cisneros, que van desde retratos suyos de la época, hasta su cáliz o su testamento.
